Missions du CNR des bactéries anaérobies et botulisme
Pour la période 2023 – 2027, le CNR des bactéries anaérobies et du botulisme s’engage à assurer les missions définies par le décret no 2016-806 du 16 juin 2016 relatif aux centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles et par l’arrêté du 8 mars 2022 fixant le cahier des charges des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles.
Il sera en outre particulièrement demandé à ce CNR les missions suivantes :
Pour les infections à bactéries anaérobies
1. Apporter une expertise microbiologique :
- identifier et caractériser les bactéries anaérobies transmises par les laboratoires et typer les éventuelles toxines produites ainsi que les souches de Clostridoides difficile,
- déterminer la sensibilité aux antibiotiques des bactéries anaérobies, notamment C. difficile et les Bacteroïdes du groupe fragilis,
- contribuer à l’amélioration du diagnostic microbiologique des infections à C. difficile.
2. Contribuer à la surveillance épidémiologique, en lien avec l’Institut de Veille Sanitaire :
- contribuer à la surveillance des infections graves à bactéries anaérobies à partir d‘un réseau national de laboratoires hospitaliers,
- contribuer à l’investigation de cas groupés d'infections impliquant des bactéries anaérobies, notamment les colites pseudomembraneuses à C. difficile ou encore les toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) à Clostridium perfringens dans les collectivités
- contribuer aux réseaux de surveillance internationaux et en particulier européens (ECDC) pour C. difficile.
3. Contribuer à l’alerte en signalant à l’Agence nationale de Santé publique tout événement inhabituel ou émergeant :
- augmentation du nombre de cas, survenue de cas groupés, nouveaux modes de transmission, etc.
Pour le botulisme humain
1. Apporter une expertise microbiologique :
- Réaliser le diagnostic et typer la toxine botulique,
- développer de nouvelles méthodes de mise en évidence et de caractérisation des toxines botuliques,
- collaborer avec les organismes nationaux compétents dans le domaine du botulisme animal (bovins, oiseaux d’élevage, oiseaux sauvages).
2. Contribuer à la surveillance épidémiologique du botulisme en France en lien avec l’Agence nationale de Santé publique :
- en transmettant en temps réel les résultats positifs de la recherche de toxines botuliques ou de Clostridium botulinum ou baratii dans des prélèvements cliniques ou alimentaires,
- en suivant les tendances évolutives des différents types de botulisme,
- en participant à l’investigation des cas (sporadiques ou groupés),
- en collaborant avec les réseaux de surveillance internationaux et en particulier européens.
3. Contribuer à l’alerte en signalant à Santé Publique France tout événement inhabituel :
- augmentation du nombre de cas, survenue de cas groupés, nouveaux modes de transmission, émergence de certains types de botulisme, etc.
4. Contribuer aux travaux du réseau national des laboratoires Biotox :
- apporter son expertise spécifique au service des instances concernées de santé publique, de défense et de sécurité nationale ;
- contribuer avec les instances chargées de leur pilotage, à l’animation du réseau des laboratoires Biotox ;
- contribuer à la mise en place d’une collection nationale de souches des agents de la menace pour les besoins de la biodéfense.
Intérêt pour la santé publique
Il est indispensable de répertorier de façon constante les bactéries anaérobies les plus fréquemment impliquées dans des pathologies graves : septicémies ; abcès du cerveau ; actinomycoses ; infections post-chirurgicales, suppurations ; gangrènes ; entérites nécrosantes ; affections digestives ; tétanos ; botulisme.
Les bactéries anaérobies représentent un ensemble de bactéries extrêmement complexes en raison de leur diversité physiologique, métabolique et taxonomique (plus de 400 espèces actuellement recensées). De nombreuses espèces sont à la fois saprophytes des cavités naturelles de l’homme, et pathogènes opportunistes, certaines espèces sont toxinogènes. Hormis les toxi-infections alimentaires et les colites post antibiothérapies pour lesquelles une épidémiologie existe, les pathologies à anaérobies se manifestent le plus souvent sous forme de cas sporadiques. De ce fait, le recours au CNR des bactéries anaérobies est une aide précieuse pour les cliniciens et les laboratoires d’analyses en cas de difficultés de prise en charge médicale, d'identification précise de l'espèce, de profil de résistance atypique ou encore d'investigation de cas groupés d'infections.