Envoyer un échantillon au CNR des bactéries anaérobies et botulisme
La fiche de renseignements doit accompagner chaque souche ou prélèvement et être remplie aussi complètement et aussi précisément que possible.
Botulisme humain (confirmation du diagnostic)
- Rappel du contexte devant faire penser au botulisme : NB le CNR annulera toute demande pour laquelle le contexte n'est pas évocateur de botulisme
La fiche de renseignements doit être correctement remplie.
Botulisme animal (expertises)
Cas général : sérum d’animal malade ou mort récemment.
NE PAS ENVOYER D'ANIMAL ENTIER
- Prélèvement de 20 ml de sang sur tube sec, il est préférable de séparer le sérum du caillot par centrifugation après coagulation.
- Volume de sérum nécessaire : 10 ml (minimum 3 ml). Il est possible de réunir le sérum de 2-3 animaux.
Contenu intestinal d’animal euthanasié ou mort récemment (maximum 6 h) :
- A l’autopsie, sélectionner au niveau de l’intestin grêle une anse intestinale congestionnée ou ayant un contenu liquide.
- Après incision de l’anse, prélever environ 10 ml de contenu intestinal et les disposer dans un pot à coproculture.
Aliments : Transférer environ 25 à 50 g dans un pot à coproculture.
Botulisme aviaire : Pour le diagnostic du botulisme aviaire, le CNR recherche la toxine botulique de préférence dans les sérums sauf pour les dindes. Pour l’examen d’autres organes, privilégier le foie.
La fiche de renseignements doit être correctement remplie.
Cas général : sérum d’animal malade ou mort récemment.
Prélèvement de 20 ml de sang sur tube sec, il est préférable de séparer le sérum du caillot par centrifugation après coagulation.
Volume de sérum nécessaire : 10 ml (minimum 3 ml). Il est possible de réunir le sérum de 2-3 animaux." Ajouter la phrase " NB : la recherche de toxine circulante est habituellement non contributive pour les bovins et équins.
Expertise des souches de Clostridium difficile et détection du clone épidémique de PCR-ribotype 027
Fiche de renseignements cliniques
Milieux pour l’isolement des souches
- Milieux sélectifs prêts à l’emploi :
Les différents milieux sélectifs commercialisés pour l’isolement de C. difficile dérivent tous du milieu CCFA (cyclosérine-cefoxitine-fructose agar) décrit par George et al. (J. Clin. Microbiol. 1979 ; 9 (2) :214 - 219).
Gélose CLO: (BioMérieux).
Clostridium difficile Selective Agar (CDSA) : (BBL)
ChromID C. difficile Medium (bioMérieux)
- Milieux non sélectifs prêts à l’emploi :
Gélose Schaedler + 5% de sang de mouton (BioMérieux)
Gélose Columbia + 5% sang de mouton (BioMérieux)
- Milieux en poudre :
Base Columbia (BioMérieux
Milieu pour Clostridium difficile + suppléments (Oxoid)
Quel que soit le milieu utilisé, il est recommandé d’ajouter de la cyclosérine à raison de 200 µg /mL.
Incuber en anaérobiose 24 à 48h.
Conditions préanalytiques
| Type d'échantillion | Milieu de transport | T°C de transport | Délai d'acheminement | Délai de rendu de résultat | Informations spécifiques (ex : conditions de transport) |
| Souche |
gélose au sang sous sachet de type Anaerogen Compact (Oxoid), Anaerocult P (Merck) ou système similaire, préincubée pour vérifier que la souche est en culture pure. éventuellement: gélose profonde (type VF), milieux pré-réduits A proscrire : transport sur écouvillon et d’une façon générale tout milieu permettant un contact avec l’air |
température ambiante | non critique |
-2 semaines ouvrés après réception du prélèvement
|
Envoi de matériel biologique |
| Prélèvements biologiques |
sérum : tube sec (sans anticoagulant) ou gel avec activateur de coagulation
selles/contenu intestinal : pot à coproculture |
température ambiante
de préférence dans un emballage isotherme avec « pack froid » (ne pas congeler) |
24-48h |
4 jours maximum (1 semaine pour une recherche d’anticorps anti-toxine botulique)
1 semaine
|
Envoi de matériel biologique |
| Prélèvemen alimentaire | 25 à 50 grammes dans un récipient hermétique (type pot à coproculture) | température ambiante ou selon indication spécifique sur l’emballage d’origine | non critique ou selon indication spécifique sur l’emballage d’origine | 1 semaine | Contacter le CNR |
La souche doit être fraîchement ensemencée
Alternative : il est possible d’utiliser des géloses profondes (type VF). Mais celles-ci sont déconseillées pour les souches très gazogènes (C. perfringens).
Sont à proscrire le transport sur écouvillon et d’une façon générale tout milieu permettant un contact avec l’air.
Le CNR n’accepte pas de produits pathologiques. (Pour les prélèvements vétérinaires, consulter au préalable).
Envoi du matériel biologique
N.B. : Eviter un envoi en fin de semaine risquant un retard d’acheminement et une rupture de réfrigération. Les prélèvements peuvent être stockés 3 à 4 jours à + 4°C avant envoi.
Tous les prélèvements et souches à analyser (à l’exception de Clostridium difficile) sont à adresser au CNR des Bactéries Anaérobies et botulisme à l’adresse suivante :
Centre national de référence des Bactéries Anaérobies et botulisme
Institut Pasteur 25-28 rue du Docteur Roux 75724 Paris Cedex 15 France
Téléphone du CNR : 33 (0)1 53 55 12 91 / 33 (0)1 45 68 83 10
Télécopie du CNR : 33 (0)1 40 61 31 23
cnranaerobies@pasteur.fr
Laboratoire Clostridium difficile
Associé au Centre National de Référence
des bactéries anaérobies et du botulisme
Hôpital Saint-Antoine
Bâtiment Pierre Masson Porte 8 - 1er étage
34 rue Crozatier
75012 PARIS
Téléphone : +33 (0)1 49 28 30 11/ +33(0)1 71 97 09 86
> En savoir plus sur l'envoi de matériel biologique
PRESTATION DE CONSEIL, SUGGESTION ET RÉCLAMATION
Contacter le CNR des Bactéries Anaérobies et du botulisme
Ou le service de Coordination des Centres de référence
MODALITÉS DE CONSERVATION ET RESTITUTION DES ÉCHANTILLONS BIOLOGIQUES TRAITÉS
Toutes les souches adressées au CNR Bactéries anaérobies et botulisme sont ré-isolées, identifiées et conservées en azote liquide. Après rendu des résultats les tubes de souches isolées initialement reçus sont détruits.
| Type d’échantillon | Température de conservation | Durée de conservation |
| Souches | -196°C | Sans limitation de durée |
| Sérums d’origine humaine : | ||
| sérums positifs | -80°C | sans limitation de durée pour développement de nouveaux tests |
| sérums négatifs | +4°C | détruits après rendu des résultats |
| Sérums d’origine animale | N/A | détruits après rendu des résultats |
| Selles / contenus intestinaux | N/A | détruits après rendu des résultats |
| Aliments (pour recherche de toxine botulique et/ou de Clostridium botulinum) | N/A | détruits après rendu des résultats sauf requêtes particulières (enquêtes judiciaires, etc…) |
| Sérums pour recherche d’anticorps neutralisants anti-toxine botulique | -80°C | sans limitation de durée pour développement de nouveaux tests |
CONFIDENTIALITÉ ET PROTECTION DES INFORMATIONS
Les fichiers informatisés du CNR sont déclarés à la Commission Informatique et Libertés (CNIL) : Loi n°78-17 du 06 janvier 1978.
Voir aussi Organisation des CNR – Confidentialité et protection des informations
CONDITIONS FINANCIÈRES
Le diagnostic biologique du botulisme humain ainsi que l'identification des souches d'origine humaine sont effectués gratuitement à condition que les critères suivants soient remplis :
Échantillon (sérum, selles, souche isolée...) d’origine humaine
Fiche d’information remplie.
L'analyse des échantillons d'autres origines (vétérinaire, alimentaire, environnementale) est facturée. Pour plus de renseignements sur cette facturation, contacter le CNR.
Voir aussi :
Organisation des Centres Nationaux de Référence,
Système du Management de la Qualité des Laboratoires de Référence et d’Expertise